Лента рассказывает о единственной в России тюрьме для помилованных убийц, расположенной в стенах бывшего монастыря на острове Каменный. Особо опасных преступников начали размещать здесь большевики, изгнав монахов в 20-е годы прошлого столетия. Влиятельная преступная группировка планирует вызволить из заключения своего «авторитета» и использует все доступные средства и методы: подкуп, шантаж, устранение «лишних» свидетелей.
Настоятель тюремной церкви священник отец Павел случайно узнает о готовящемся побеге.
Много лет назад приняв крещение, Павел, бывший офицер спецназа, воевавший в Афганистане, поклялся никогда не брать в руки оружия. Однако теперь ему становится ясно, что служба безопасности нуждается в его помощи.

Сериал был снят с сетки вещания телеканала «Россия». Это произошло из-за возражений Федеральной службы исполнения наказаний (ФСИН) РФ.
Поскольку ФСИН принимала непосредственное участие в создании фильма, представители этого органа решили сами посмотреть сериал, прежде чем выпускать его на экран. Руководитель Центра общественных связей ФСИН Александр Сидоров пояснил, что такой фильм как «Тюрьма особого назначения» может вызвать реакцию, аналогичную сериалу «Зона», показанному на НТВ. По его словам, «Зона» не соответствовала правде и опорочила систему». После согласования с ФСИН и положительного отзыва этой организации сериал выйдет в эфир, но в пресс-службе канала «Россия» не сообщили, когда это произойдет.